La historia, está claramente destinada para un público adulto, tanto por la temática como por el vocabulario que en ella se utiliza, comienza con varios policías encontrando un cuerpo femenino totalmente desgarrado en las orillas del río, cuyos cortes se asemejan a tres cuchillas paralelas. Entre el desfigurado cuerpo pueden apreciar varios rasgos y un tatuaje en forma de X en el hombro, por lo que deducen que se trata de Jean Grey, una estafadora perteneciente al grupo criminal Patrulla X.
A partir de este momento, comenzará el hilo argumental en el que se nos irán presentando a los diferentes protagonistas, como si de una película se tratase, en el que la gran mayoría, tendrá similitudes con sus “personajes comunes” y poco a poco iremos conociendo toda la trama que envuelve a X-Men Noir hasta llegar al desenlace.