Wolfenstein tiene lugar justo después de los acontecimientos de Return to Castle Wolfenstein. Dónde la División Paranormal de las SS Nazis, no pierde el tiempo y ya ha desarrollado una nueva e inusual forma de derrotar a las fuerzas Aliadas, El Black Sun (Sol Negro) una extraña fuerza de energía y están trabajando fervientemente para controlar su poder y así inclinar a su favor la guerra. BJ Blazkowicz, tras haber experimentado las cosas extrañas que los Nazis han buscado en el pasado, está considerado el único hombre capaz de llevar a cabo la misión, y es enviado a descubrir que están haciendo exactamente los Nazis, e impedirlo.