En ¿Estamos solos?, los agentes Jordi y Eva de la compañía BOVNI se enfrentan a extraños sucesos que ocurren en España. Su misión es descubrir el origen de estos eventos y cómo combatir la amenaza que representan. Sin embargo, desconocen el peligro real que corren, ya que son perseguidos por otra compañía interesada en mantener todo en secreto. En esta aventura a contrarreloj, deberán luchar contra seres desconocidos que amenazan con destruir el país y causar un holocausto para toda la humanidad.