En 'Expediente X: Ruinas', los agentes Mulder y Scully se adentran en una intrigante investigación en la selva de Yucatán tras la desaparición de un equipo de arqueólogos. Su búsqueda los lleva a descubrir una extraña señal electrónica proveniente de antiguas ruinas, una señal dirigida hacia las estrellas. Este hallazgo los sumerge en un mundo de guerra de guerrillas y contrabando de antigüedades, donde vestigios de una cultura ancestral emergen para envolverlos en un misterio sobrenatural.