El proyecto MAS SAVIA para Ciencias Naturales aprovecha diferentes herramientas y metodologías para motivar el aprendizaje, la comprensión y la aplicación de los contenidos. Los contenidos de cada bloque de aprendizaje se organizan en tres momentos de aprendizaje: Empecemos, Comprendamos y Usemos. Entre ellos se inserta Make a Change (actividades de aprendizaje-servicio con muchas oportunidades de trabajar utilizando estrategias cooperativas) en las que se ponen en práctica tanto las habilidades comunicativas como las cognitivas. Muchas de las secciones Empecemos y Usemos adoptan la forma de talleres experimentales. Esta filosofía general de promoción del aprendizaje activo se manifiesta en la tarea final Making a Change, que integra conocimientos, habilidades e inteligencias múltiples. Natural Science adopta el enfoque CLIL para hacer que el lenguaje y los contenidos sean accesibles con un cuidadoso andamiaje del lenguaje y el resumen visual del contenido. Hay oportunidades regulares para revisar lo que se ha aprendido. La atención a la diversidad se atiende mediante pruebas en línea que pueden dar al profesor una evaluación clara e inmediata del rendimiento de la clase mediante la identificación de los estudiantes que pueden estar teniendo dificultades. Natural Science se ha creado en tándem con EPS: un nuevo curso de inglés basado en CLIL para escuelas primarias plurilingües que se integra estrechamente con las rutas de aprendizaje de Natural Science.