Jason Bourne regresa a la Universidad de Georgetown, buscando una vida normal como David Webb. Sin embargo, tras años de adrenalina y peligro, Bourne se siente frustrado por la tranquilidad de su vida como profesor de lingüística. Su mentor, el profesor Specter, le pide ayuda para investigar el asesinato de un antiguo estudiante, involucrado con una secta extremista musulmana. Mientras tanto, la nueva directora de la CIA, Veronica Hart, lucha por mantener el control, y la NSA planea cazar y matar a Bourne. En Europa, la investigación de Bourne sobre la Legión Negra se convierte en una de las operaciones más peligrosas de su vida, persiguiendo al líder de un grupo terrorista con raíces en la Segunda Guerra Mundial, mientras un asesino tan brillante como él se acerca cada vez más.