En 'El Protocolo Sigma', Ben Hartman se encuentra de vacaciones en Suiza cuando se topa con un amigo de la infancia que intenta asesinarlo. En defensa propia, Ben lo mata, pero el cuerpo y toda evidencia de la confrontación desaparecen misteriosamente. Anna Navarro, una agente del gobierno estadounidense, es enviada a investigar una serie de muertes alrededor del mundo, donde las víctimas tienen en común un antiguo archivo de la OSS con el nombre clave SIGMA. A medida que avanza en la investigación, es retirada del caso y declarada agente rebelde. Alguien desea mantener este secreto oculto, y el futuro de Hartman y Navarro, así como el del mundo libre, están en juego.